En un principio, nació como parte integrante del complejo industrial de Aluar, el proyecto incluía un muelle mineralero para la recepción de la materia prima y un muelle de carga general para el envío del producto terminado a los centros industriales. Por otro lado, y como actividad secundaria, atendería a la carga general de la región.

Con el paso de los años, el Muelle Storni se fue adaptando al desarrollo de las nuevas actividades económicas, de esta manera, a principio de la década del 80 comienza a ser utilizado como base operativa para los buques pesqueros.

En los años noventa, la sanción de la Ley 24.093/92, que desregula la actividad portuaria, permitió que el puerto pasara a jurisdicción de la provincia del Chubut, según la Ley Provincial Nº 3755 y su Decreto Reglamentario Nº 209/93., y por lo tanto que las decisiones y la gestión de la operación portuaria pasaran a depender primordialmente de las necesidades de la Provincia y de la región que atiende el puerto.

En años subsiguientes fueron apareciendo nuevas actividades vinculadas con el puerto, como el procesamiento de rocas porfídicas provenientes de canteras distantes a unos 70 kilometros de Puerto Madryn, y el atraque cada vez más intensivo de buques turísticos de pasajeros.

A su vez, a raíz de las políticas nacionales con respecto a la implementación de energías renovables, fue realmente importante el arribo de partes de aerogeneradores por el Muelle Almirante Storni para ser instalados en la zona.